收集与整理各类神秘物品是提升实力与探索乐趣的核心玩法之一。游戏内设有多样化的系统，鼓励玩家通过积累、组合与转化闲置或特定道具，来获取更稀有、更强大的资源。这些系统通常具有独特的规则和产出机制，构成了游戏经济与角色养成的深层次内容，理解并掌握这些收集整理之道，对于玩家的长期发展至关重要。
最具代表性的收集整理系统当属时空宝盒。这是一个周期性的物质重组玩法，玩家每周可以将最多16件非绑定的物品投入宝盒中，投入的物品价值越高，通常预期回报也越丰厚。系统会将投入的物品进行重组，最终返还包括时空结晶、纯净结晶、千叶莲路、方正时装、变身卡、银币等在内的多种新道具。即使投入相同类型的物品，因其具体效果不同，为宝盒增加的粒子数量也会有差异，因此玩家需要尝试不同的物品搭配，以寻找性价比最高的投放方案。装备、打造材料、法宝精华等均可作为投入品。
通过时空宝盒产出的时空结晶与纯净结晶本身就是需要善加利用的神秘物品。时空结晶共有多种类型，每种提供不同的属性加成，玩家可以将其镶嵌到初始已拥有特效的武器或腰带上，为其附加一个持续30天的额外效果，类似于强化的临时符，从而直接提升战斗实力。纯净结晶则主要用于合成，可以将部分药品的品质提升到更高等级，增强其在战斗中的恢复或辅助效果。这两种结晶不仅可以通过宝盒获得，也能在游戏的摆摊系统中进行交易。
另一类需要收集整理的神秘物品是百鬼。百鬼属于稀有道具，拥有独特的鬼怪形象和强大的属性加成，是战力和个性的象征。其获取途径多元，包括完成特定的主线或日常活动任务、收集碎片进行合成、参与游戏内不定期的特殊活动，以及通过玩家间的交易或摆摊购买。这意味着玩家既可以通过自身的努力积累获得，也可以利用市场行为来达成收集目标。
游戏内经典的五宝系统也是重要的收集玩法。玩家需要通过挖宝、抓鬼、活动或商城购买等途径，收集齐避水珠、定魂珠、龙鳞、夜光珠、金刚石这五种宝物，方能兑换用于挖掘的高级藏宝图，从而有机会获得更高价值的奖励。神兜兜也是一种珍贵的收集品，可用于兑换资质优秀的紫色召唤兽乃至超级神兽等顶级宠物，其来源包括特定的运营活动。
工坊系统为收集整理提供了生活技能层面的支持。该系统分为采集和生产两大类，采集业涵盖采集、耕种、狩猎、采矿，生产业则包括厨艺、药术、乐艺、石艺、考古等。玩家需要选择一个采集职业搭配一个生产职业，通过采集原材料并加工生产出各种道具物品，这本身就是一个系统的收集、整理与创造过程。虽然其产出更偏向于常规消耗品或商品，但高级产物同样具有稀缺性和实用性。
