追寻并收服传说中的宝可梦是旅程中最令人激动的环节之一。游戏中有多个固定位置可以遭遇经典神鸟，急冻鸟位于双子岛的最深处，需要玩家用怪力技能推动岩石，按照特定顺序堵住洞穴内的瀑布才能见到。闪电鸟则藏身于无人发电厂的内部，沿着左侧墙壁一直前进是到达深处的快捷路径。火焰鸟栖息在一号岛的灯火山山顶，那里遍布岩浆，前往挑战前最好准备一些水系或岩石系的伙伴。这些神兽等级均为五十级，属性鲜明，是组建队伍时非常实用的战力。
除了三神鸟，游戏中还有需要达成特定条件才能挑战的更强力神兽。超梦作为超能力系的巅峰存在，等级高达七十级，它位于华蓝洞窟的最底层。想要见到它，玩家必须首先完成主线剧情，击败四大天王并解锁七岛的剧情线，同时掌握冲浪、攀瀑和碎岩等技能以穿越洞窟内的复杂地形。洛奇亚与凤凰这对传奇鸟宝可梦则出现在需要神秘船票才能抵达的八号岛，它们分别位于岛屿右侧的水下深处和左侧的山顶。而迪奥西斯需要在九号岛完成一幅拼图后才会现身。
通关游戏后，冒险并未结束，一些隐藏的神兽会开始在地图上游荡。雷公、炎帝和水君这三只传说的宝可梦，在玩家击败四大天王后，便会随机出现在关东地区各地的草丛中，遇到它们需要一些耐心和运气。在探索过程中，你还可能在其他地点发现惊喜，例如在双子岛有机会遇到冰神柱，在一号岛火焰山的地下能寻觅到古拉顿，而在幽灵塔的顶楼则可能邂逅吉拉奇。这些地点分散在广阔的关东地区及岛屿之间，等待玩家去一一探索。
成功的捕捉离不开得当的策略和充分的准备。面对任何神兽，通用的原则是尽可能降低其血量至红色危险状态，并为其附加睡眠或冰冻这类不会造成持续伤害的异常状态，这能显著提高精灵球的捕获成功率。在队伍中配备一只掌握点到为止技能的宝可梦来精准控血，以及拥有催眠粉或电磁波等技能的宝可梦来施加状态，会是非常明智的选择。战斗前务必保存游戏进度，并确保背包里装有足够数量的高级球或超级球。如果条件允许，大师球可以实现百分之百的成功捕获。
动身前往特定地点前，根据神兽的属性做好针对性的队伍搭配也同样关键。挑战火焰鸟时，水系、岩石系或地面系的技能能造成显著伤害；应对闪电鸟，地面系技能效果卓越，冰系和岩石系也是不错的选择；而与急冻鸟对战，火系、电系、岩石系或钢铁系的招式则能占据优势。了解这些属性相克关系，并携带相应的回复道具，能让战斗过程更加顺利，为你最终将传说收于球中奠定坚实基础。
